Die Historikerin Ulrike Jureit fordert von der Geschichtswissenschaft einen bewussteren und sensibleren Umgang mit dem Thema Auftragsforschung. Bei der Aufarbeitung der NS-Vergangenheit von Unternehmen und Bundesinstitutionen gelte es nicht nur personelle, sondern auch inhaltliche Kontinuitäten in der Nachkriegszeit in den Blick zu nehmen.

"Die Erfahrung zeigt, dass Einflussnahme oft gar nicht direkt (…) sondern sehr viel subtiler erfolgt", sagte Jureit im Deutschlandradio Kultur über Forschungsarbeiten, die von Unternehmen, aber auch Ministerien und Behörden zur Aufarbeitung ihrer NS-Vergangenheit in Auftrag gegeben werden. Direkte Einflussnahme durch Zurückhaltung der Ergebnisse oder versuchte Einflussnahme auf das Ergebnis sei mittlerweile zwar die Ausnahme. Für problematisch hält Jureit aber Vorgaben zum Design der Untersuchung, die Größenordnung sowie einen verengten Fokus, etwa darauf, wie viele ehemalige NSDAP-Mitglieder nach 1945 in dieser Institution geblieben sind.

Die schiere Suche nach der persönlichen Vergangenheit der Mitarbeitern als NSDAP-Mitglied kritisierte die am Hamburger Institut für Sozialforschung (HIS) assoziierte Historikerin von der Hamburger Stiftung zur Förderung von Wissenschaft und Kultur als nicht ausreichend und als "wissenschaftlich gar nicht interessant."Hinter einer solchen zu engen Untersuchungsperspektive verberge sich die falsche Vorstellung, eine NS-Belastung sei rechnerisch quantifizierbar: "Aber da können wir aus Erfahrung sagen, diese Zahl sagt eigentlich relativ wenig aus. Man muss wesentlich tiefer bohren, also inwiefern ist dort tatsächlich sachlich und inhaltlich zum Beispiel an politischen Entscheidungen im Sinne eines nationalsozialistischen Gedankengutes Einfluss genommen worden.

Wichtiger als reine "Erbsenzählerei" sei die Frage, ob und inwieweit politische Kontinuitäten zwischen der NS- und der Nachkriegszeit festgestellt werden können. Solche "Tiefenbohrungen" seien in den Projekten aber oft nicht vorgesehen, oder es würden dann auch nicht genügend Mittel dafür zur Verfügung gestellt. Für sinnvoll hält Jureit, im Ablauf der Auftragsvergabe zusätzliche Instanzen einzuschalten, die den Prozess der Verhandlung zwischen dem Auftraggeber und den beauftragten Historikern kritisch begleiten könnten. Von Wissenschaftlern fordert Jureit aber auch, "den eigenen wissenschaftlichen Standards Rechnung zu tragen" und gegebenenfalls, sollte der Auftraggeber nicht bereit sein, sich auf ein tiefergehendes Projekt einzulassen, "auch mal Nein zu sagen."